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員貝嶼は貝殻を彷彿させる形態をしており、玄武岩小島とも呼ばれています。北半分の海岸線は、節のある柱状玄武岩が発達しており、その北端には「筆」と「硯」と呼ばれる岩柱と海蝕洞の奇観が望めます。東側は扇型に玄武岩柱が配列しており、まるで巨大な襞のあるスカートを連想させます。
員貝嶼と白沙島の沙港の間の海域には、貴重な珊瑚礁区になっており、美しい海底の景観が楽しめます。