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日月潭はバードウオッチングにも最適です。中でも孔雀園から南に1.7キロ、環潭公路わきのススキ生い茂る一帯は水鳥保護区で、さまざまな鳥が観賞できます。
同地へは船主と交渉して船を回してもらうのがもっともよい方法ですが（追加料金が必要）、環潭公路から望遠鏡で眺めることもできます。ここにはシラサギが多く、早朝や黄昏の湖上を悠々と飛び回っているほか、時には船といっしょに飛行する姿も見かけます。